廣西壯族自治區疾病預防控制中心擬采購450株左右結核分枝桿菌全基因組測序和個性化分析,用于監測廣西結核分枝桿菌流行情況和病原學特征探索。現向社會公開詢價,歡迎擬參加投標的供應商投送資料遞交報價及相關資料,作為編制采購材料的參考,具體信息如下:
一、采購內容及數量:
貨物名稱 | 數量 | 技術參數 |
結核分枝桿菌全基因組測序 | 450 | 1、利用高通量測序技術,完成合格DNA樣本的建庫以及全基因組測序。參數:Paired-end 文庫雙末端測序,雙端150bp或以上,總測序深度數據量 ≥ 1G bases;堿基數據Phred Score質量Q30≥80%。 2、獲得基因組序列拼裝,并對可能混合有2~5種不同物種細菌的宏基因組測序數據進行基因組拆分(Binning),分別獲得不同細菌的基因組序列。 3、微生物菌種鑒定:根據基因組序列,利用基因組平均核苷酸一致性(gANI)指標鑒定細菌的物種,物種鑒定的范圍是GenBank中所有已公開基因組數據的細菌(約6000個種);快速鑒定,在上述數據庫中搜索得到與受檢菌株基因組gANI值最高的10參考基因組需要得到確定的物種信息,結核分枝桿菌復合群(MTBC)需要鑒定得到可靠的亞種,非結核桿菌要得到可靠的菌種。 4、鑒定為分枝桿菌的細菌,利用其基因組序列,檢測物種相對應的耐藥相關突變基因,根據《結核分枝桿菌復合群突變目錄及其與耐藥性的關系》(世界衛生組織,2021,ISBN 978-92-4-002818-0)所公布的,耐藥基因的突變情況判斷相關藥物的敏感性。以電子表格的形式,按照抗結核一線藥、二線藥、其它藥的順序列出相關耐藥突變位點信息。 5、利用基因組序列,分物種對分枝桿菌進行基于全基因組序列SNP矩陣、SNP差異、成簇分析和系統發生樹的繪制。系統發生樹上標注具體樣本編號、物種、亞型和耐藥信息。 6、對于混合樣本(宏基因組)測序拆分(binning)出的細菌基因組,若存在pubMLST分型方案,則需要得到對應的基因標記等位基因序列和分子分型。對于感染相關的病原菌,需要提供相應的抗生素耐藥和毒力基因檢測,預測相關毒力因子。 7、根據需要進行群體基因結構比對,計算不同亞群(不同地區、不同耐藥菌株群體)之間的分子方差統計量(Fst)。 8、 甲方滅活菌株分批寄送乙方。乙方負責DNA提取、測序和分析。DNA提取成功率控制在90%以上。乙方收到菌株后22個工作日內完成測序和分析工作,并將結果交付甲方。 9、乙方需要向甲方提供有關的技術能力證明。接受的證明材料包括3年內發表的結核分枝桿菌基因組學、分子流行病學研究的經同行評議科學引文索引(SCI)論文,或者3年內其他分枝桿菌基因組學的技術服務案例(技術服務合同及對應的產出證明材料,如內容,交付周期等)。 |
二、材料投送要求:
(一)投送資料包括:采購需求(含詳細的技術參數、規格等技術要求,質保等商務要求)及報價,詳見附件1。
(二)不接受現場遞交,所有資料請加蓋公章后以PDF文件方式發送至郵箱:gxjfk-tbc@163.com。聯系人及電話:區老師 0771-2518860
(三)截止日期:2023年1月20日(以郵件發送日期為準)
廣西壯族自治區疾病預防控制中心
2023年1月12日
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