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    廣西壯族自治區疾病預防控制中心結核分枝桿菌全基因組測序詢價公告

    來源:廣西壯族自治區疾病預防控制中心          發布時間:2023-01-12     文字大小:[][][]    打印頁面

      廣西壯族自治區疾病預防控制中心擬采購450株左右結核分枝桿菌全基因組測序和個性化分析,用于監測廣西結核分枝桿菌流行情況和病原學特征探索。現向社會公開詢價,歡迎擬參加投標的供應商投送資料遞交報價及相關資料,作為編制采購材料的參考,具體信息如下:

      一、采購內容及數量:

    貨物名稱

    數量

    技術參數

    結核分枝桿菌全基因組測序

    450

    1、利用高通量測序技術,完成合格DNA樣本的建庫以及全基因組測序。參數:Paired-end 文庫雙末端測序,雙端150bp或以上,總測序深度數據量 ≥ 1G bases;堿基數據Phred Score質量Q30≥80%。

    2、獲得基因組序列拼裝,并對可能混合有2~5種不同物種細菌的宏基因組測序數據進行基因組拆分(Binning),分別獲得不同細菌的基因組序列。

    3、微生物菌種鑒定:根據基因組序列,利用基因組平均核苷酸一致性(gANI)指標鑒定細菌的物種,物種鑒定的范圍是GenBank中所有已公開基因組數據的細菌(約6000個種);快速鑒定,在上述數據庫中搜索得到與受檢菌株基因組gANI值最高的10參考基因組需要得到確定的物種信息,結核分枝桿菌復合群(MTBC)需要鑒定得到可靠的亞種,非結核桿菌要得到可靠的菌種。

    4、鑒定為分枝桿菌的細菌,利用其基因組序列,檢測物種相對應的耐藥相關突變基因,根據《結核分枝桿菌復合群突變目錄及其與耐藥性的關系》(世界衛生組織,2021,ISBN 978-92-4-002818-0)所公布的,耐藥基因的突變情況判斷相關藥物的敏感性。以電子表格的形式,按照抗結核一線藥、二線藥、其它藥的順序列出相關耐藥突變位點信息。

    5、利用基因組序列,分物種對分枝桿菌進行基于全基因組序列SNP矩陣、SNP差異、成簇分析和系統發生樹的繪制。系統發生樹上標注具體樣本編號、物種、亞型和耐藥信息。

    6、對于混合樣本(宏基因組)測序拆分(binning)出的細菌基因組,若存在pubMLST分型方案,則需要得到對應的基因標記等位基因序列和分子分型。對于感染相關的病原菌,需要提供相應的抗生素耐藥和毒力基因檢測,預測相關毒力因子。

    7、根據需要進行群體基因結構比對,計算不同亞群(不同地區、不同耐藥菌株群體)之間的分子方差統計量(Fst)。

    8、 甲方滅活菌株分批寄送乙方。乙方負責DNA提取、測序和分析。DNA提取成功率控制在90%以上。乙方收到菌株后22個工作日內完成測序和分析工作,并將結果交付甲方。

    9、乙方需要向甲方提供有關的技術能力證明。接受的證明材料包括3年內發表的結核分枝桿菌基因組學、分子流行病學研究的經同行評議科學引文索引(SCI)論文,或者3年內其他分枝桿菌基因組學的技術服務案例(技術服務合同及對應的產出證明材料,如內容,交付周期等)。

      二、材料投送要求:

      (一)投送資料包括:采購需求(含詳細的技術參數、規格等技術要求,質保等商務要求)及報價,詳見附件1。

      (二)不接受現場遞交,所有資料請加蓋公章后以PDF文件方式發送至郵箱:gxjfk-tbc@163.com。聯系人及電話:區老師 0771-2518860

      (三)截止日期:2023年1月20日(以郵件發送日期為準)

     

     

     

              廣西壯族自治區疾病預防控制中心

                         2023年1月12日      

     

     

     

    附件1:采購填報表.xls

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