根據國家衛生計生委關于調整部分傳染病病種管理工作的要求，信息中心積極組織人員完成了業務需求確認、系統功能設計、功能定制、測試、數據轉換以及對省級業務管理員用戶的授權工作，于2014年1月1日正式上線運行，同時將國家衛生計生委對于病例統計的口徑及相關要求以通知形式反饋至全國各省級疾控中心。
本次系統功能的定制首次突破了網絡直報系統中傳染病病種年度管理的局限性，實現了年內人感染H7N9禽流感和甲型H1N1流感病例的分段報告、管理和統計功能。為各級衛生計生行政部門提供了傳染病疫情信息通報的技術支持、滿足各級各類醫療衛生機構對人感染H7N9禽流感和甲型H1N1流感的動態管理、數據統計和分析的準確性。
同時，請中國疾控中心各業務部門、各級疾控中心和醫療機構于2014年2月28日前完成《甲型H1N1流感信息管理系統》的數據備份工作，該系統將于2014年3月1日正式停用，屆時不再提供系統運行的維護和技術支持。
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