放射衛生防護所一貫重視實驗室質量控制工作，為確保檢測結果的合法性和權威性，每年都能按照科室制定的實驗室質量控制工作計劃，按預期目標進行實驗室內部質量控制與外部質量控制控制，對儀器設備的期間核查、設備檢定（校準）、實驗室環境監測、消耗品管理等均有專人負責，對科室工作的日常質量監督能有效進行，并且注重人員培訓，各項質控措施均能落到實處。
在2014年全國放射衛生技術機構檢測質量控制比對考核中，放射衛生防護所參加了3項比對，取得了“個人劑量監測質量控制比對”結果優秀、“放射性核素γ能譜分析質量控制比對”結果合格、“水中總α總β放射性測量質量控制比對”結果合格的好成績。廣西區疾控中心放射衛生實驗室的檢測能力位于全國放射衛生技術機構前列。
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